その他の種、F. femoralis (Stein)は動物の糞尿中でしばしば発生する種で、幼虫はF. scalarisやヒメイエバエの幼虫に酷似しています。
しかし、F. femoralisの幼虫の側面の後部突起は、F. scalarisやヒメイエバエのものと比べて末端部の分枝及び長さが中間的です。
幼虫の識別がますます複雑になりますが、F. femolarisをF. pusio (Weidemann)と識別するのは非常に難しいことです。後者も発生することはありますが、幸いなことに畜産施設ではあまり一般的ではありません。
F. femolarisやF. pusioの成虫は、大部分が黒色で、ヒメイエバエやF. scalarisよりもずっと小型です。従って成虫期では識別が容易です。
全般的にはヒメイエバエが、畜産施設で見られるヒメイエバエ属の中で最も一般的な種ですが、特定の条件下の糞尿中に存在するのが、この種であることに注意する必要があります。
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