ヒメイエバエの幼虫は、イエバエの幼虫のような白くて先細りした円筒形とは明らかに異なります。
ヒメイエバエ属の幼虫は、凹凸があり、褐色で、背腹方向に平坦となり、前方に向かって急に細くなっています。第1節から後の各節には、多数の側面及び背面方向によく発達した棘状の突起があります。

前胸部気門が1対あり、それぞれには3~12個の放射状に並んだ短い突起があります。後部気門は、短い頑丈な柄に支えられています。口腔鈎はよく発達しています。幼虫は3齢を経過して発育します。動物の糞尿中に発生する全てのヒメイエバエ属の幼虫に、この解説を適用することができます。種の違いを識別するには、側面突起及びその他の特性、特に後部部位を詳細に調べる必要があります。
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ヒメイエバエ属(genus Fannia)の幼虫の後部部位の詳細
A.ヒメイエバエFannia canicularisの背面図
B. Fannia scalarisの背面図
C. Fannia femoralisの背面図
D. Fannia pusioの背面図
E.ヒメイエバエFannia canicularisの腹面図
F. Fannia scalarisの腹面図
G. Fannia femoralisの腹面図
H. Fannia pusioの腹面図
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F. scalarisの幼虫は、ヒメイエバエの幼虫と酷似していますが、F. scalarisはヒメイエバエと比べて、側面後部の棘状の突起が多く、末端部分が短くなっています。
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