ハエが食物を飽食すると、腹部は膨張します。雌は、腹部の後端に節のある産卵管を有し、産卵のために延びたり引っ込んだりします。
産卵管には感覚組織があり、雌が産卵に適した場所を選択するのを助けています。
雄は後部に交尾器を持っていますが、交尾しない時は格納されています。
交尾の際には、雄の交尾器の複雑な葉(ﾖｳ)が雌の産卵管を締め付け、精子を雌に注入します。精子は雌生殖組織の貯蔵部(貯精嚢)に移動し、輸卵管を通過して降りてくる卵を受精させます。従って、雌は1回だけ交尾に成功すれば、数束の受精卵を生むことができます。
イエバエの雌は一雌一雄です、すなわち雌は1回しか交尾しません。
雌は、揮発性の性フェロモン、ムスカルレ(成分名:(Z)-9-トリコセン)を生産し、雄を誘引します。
交尾の過程では、時には雄が空中で雌を捕らえることもありますが、実際の交尾は、飛翔中ではなく止って行われます。
雌は、羽化後、交尾して3~4日目に(産卵3~4日前に交尾して)、産卵を開始します。産卵前の時期の発育に要する閾値温度は約14℃です。
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