生物学的防除とは、発生するハエの捕食生物や寄生昆虫の個体数を増やし保護することです。糞尿を長期間にわたって堆積することができる畜産施設では様々な雑多の節足動物が発育します。これに含まれるものとしては、ハエの卵及び幼虫(殆ど小さな1齢幼虫)を捕食するダニ及び甲虫類がいます。
膜翅目のハチ類などの寄生昆虫の多くの種もまた、糞尿に飛来しハエの蛹殻中に卵を産み付けます。これらの寄生昆虫は蛹殻中で発育し、結果的にはハエを殺します。
捕食生物や寄生昆虫の最大の利点は糞尿が乾燥することです。湿った糞尿中では捕食生物はハエの卵及び幼虫を探し捕食するのに効率よく動き回ることはできません。同様に寄生昆虫もまた、ハエの蛹を探さなければならず、乾燥した糞尿中であれば容易に進入し蛹を探して産卵することができます。したがって、糞尿の乾燥によりハエの繁殖を低減させる環境的対策は、同時にハエの若齢幼虫期における捕食生物や寄生昆虫を助けることになります。
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