節足動物以外では、ハエに関係して自然発生するものとして、昆虫病原性のカビ(昆虫病原糸状菌)の種類がいくつかあります。これらの微生物は集約的な畜産施設でも粗放的な畜産施設でも、いずれにおいても観察され、節足動物とは異なり、湿った場所で最も良く増殖をします。
あるカビの種は広範囲な活性を示します(例えば、多種類の昆虫類に感染可能な白きょう病虫カビBeauveria bassiana)が、あるカビの種では、より選択的な活性を示します(例えば、イエバエ科の近縁種の非刺咬性バエ(英名:Face fly)及びノサシバエ(英名:Horn fly)に対して選択的に感染する黒きょう病虫カビMetarhizium anisopliae及び赤きょう病虫カビPaecilomyces fumosoroseus)。
さらに、あるカビの種は、他のカビの種に比べてより活性があるものもあります。ほとんどのカビの種はハエの成虫に対してのみ活性がありますが、あるカビの種では幼虫に対して特別に活性のあるものもあります。畜産施設におけるハエ防除において最も研究されたカビは白きょう病虫カビBavaria bassiana及びイエバエ成虫疫病菌Entomophthora musceです。
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