生物学的防除の目的は、自然発生している捕食生物及び寄生昆虫の個体群の繁殖を促すことです。これには糞尿を乾燥させ、できるだけ捕食生物及び寄生昆虫に適した環境を作り出すことが必要です。生物学的防除においては、捕食生物及び寄生昆虫の個体群を激減させないように、時間差をつけて糞尿除去を行います。
ハエの個体数の最も少ない涼しい時期においては、糞尿除去を部分的に徐々に行い、寄生昆虫及び捕食生物の個体群が新しい糞尿に徐々に再進出できるようにします。
追加の個体を放し、自然発生する寄生昆虫の個体群を増強させることも時々試みられています。これは寄生率を増やすことによってハエの個体数を減少させる方法ですが、この場合には多様な条件下で寄生昆虫を放す時期、放す種類及び放す個体数についての数値的な指針を設定することができません。
もし増強を試みる場合には、自然発生する捕食生物及び寄生昆虫の個体数を最大にするために必要な環境的措置及び糞尿管理をしっかり行った上で初めて行われるべきです。
ハエ防除の殺虫剤は捕食生物及び寄生昆虫を保護するためにも注意深く選択的に使用しなければなりません。特定のものだけに選択的に効果を発揮する数種類の製品が市販されています。例えば、幼虫駆除剤であるシロマジンは幼虫に対して非常に効果がありますが、甲虫及びダニに対しての毒性が極めて低度です。
殺虫剤の使用方法によっては、さらに選択性を高めることができます。捕食生物及び寄生昆虫までも幅広く殺すことのできる殺虫剤を糞尿全体に日常的に散布するよりはむしろ、ハエの幼虫が非常に多い場所にだけ散布することで、おおよその選択性は達成できます。さらに幼虫駆除剤によるスポット散布なら寄生昆虫及び捕食生物の個体群に与える全体的な影響は極めて軽微です。
成虫駆除剤によるハエの成虫への直接散布は、糞尿への飛散を最少限にとどめるために、建物の壁面に向けて粗めに噴霧します。ハエの成虫が休息している建物の壁面には残留噴霧を行うべきです。残留噴霧は通常、ハエが夜間に長時間休息する建物の隔壁及び上部に噴霧します。ハエによる嘔吐物や糞による壁面のシミは、ハエの休息場所を示しています。
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