糞尿は、水洗やスクレイパー(掻き出し器)によって除去されます。これらの設備が適切に設計され、適切に機能すれば、毎日または1日おきに頻繁に糞尿を除去し、きれいにすることで、ハエは繁殖がほとんどできなくなります。
しかし、これらの設備が、ハエの繁殖を助長するような糞尿の残渣を残すことがよくあります。レール(手すり)やフェンス(囲い柵)の下の隅(すみ)及び縁(へり)や端(はし)が、この設備の盲点になります。スクレイパーのケーブルの破損または水圧の低下が、自動設備を故障させたり、糞尿を完全に除去できなくさせたりします。糞尿がこびり付くと、糞尿除去装置では除去できないほど堆積してしまいます。
毎日または頻繁な糞尿除去は、糞尿処理の問題を引き起こします。糞尿を直ちに非常に均一な薄い層にして圃場に散布すれば、ハエの繁殖は起りません。しかし糞尿散布装置が大きな糞尿の残渣を残してしまうと、ハエの繁殖は起こってしまいます。
糞尿に水を加えるスラリー方式にすれば、散布は容易になりますが、悪臭の問題が増加します。
他の方法としては、嫌気的に分解させるために糞尿を積み上げるか、または深い貯留槽に流し込む方法があります。
堆積した糞尿は、集めて圧縮し、覆い(例えば、ビニールシート)を被せて、堆積中の温度をハエが生き残れないほどの高温にしない限り、ハエを繁殖させてしまいます。
適切に設計され、適切に管理された貯留槽は、ハエを繁殖させません。
しかし、貯留槽の容量に対して糞尿が多過ぎると、過負荷が掛かり、糞尿の固形物のマット(スカム )や破片が浮き上がり、ハエの繁殖を助長します。
舎外の貯留槽に流し込んで除去する代わりに、畜産施設の床下に水を溜めたピットを作り、そこへ流し込む方法があります。この方法は、スノコ式の豚舎でよく利用されています。
このピットは定期的に水を流し込むか、ポンプで汲み上げて舎外の貯留槽に入れるか、または圃場に散布しなければなりません。
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