定期的な糞尿除去と糞尿の堆積との間に、色々な中間的方法があります。これらは、断続的な、しばしば不定期な、糞尿除去を含みます。畜産施設や肥育農場の設計が、糞尿除去をいかにうまく達成することができるかや、どの程度の除去頻度が実用的なのかを決定づけます。
自動装置を必要としない場合には、除去は手作業及びトラクターのバケットやスクレイパーで実施しなければなりません。この方法を用いて糞尿の頻繁かつ完全な除去が、総合的なハエ防除プログラムにとって重要になります。
もし糞尿管理プログラムが不定期で無計画だと、ハエ防除プログラムを成功させることは、不可能ではありませんが、非常に困難になります。
糞尿が長期間または不定期な期間堆積されると、糞尿を生息場所とする捕食生物や寄生昆虫の数が増加します。
短期間に全ての糞尿を完全に除去すると、有益な昆虫やダニもまた、除去されてしまいます。
従って、2~4週間以上、時間差をつけた部分的な除去の方が、短期間の完全除去よりも望ましいのです。
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