糞尿を管理する設備もまた、ハエの発生の多寡を決める重要な要素となります。両極端なケースがあり、糞尿を頻繁に除去する方法と糞尿の堆積を延長する方法があります。
糞尿が頻繁に、定期的に、完全に除去されると、畜産施設内にはハエの発生源が無くなります。
逆に、糞尿を堆積させ、定期的に踏み固められると、ハエの繁殖には適さない環境になります。
ハエの種類は数千種にも及びますが、家畜や家禽に最も深刻な影響を与えるのはイエバエMusca domestica、ヒメイエバエFannia canicularis及びサシバエStomoxys calcitransです。